有证据表明，锂盐、丙戊酸盐、卡马西平和帕罗西汀有致胎儿畸形危险，因此妊娠初期3个月内应该避免使用。锂盐主要的问题是心血管畸形风险，发生率约为1.2%-7.7%，其中三尖瓣关闭不全(Ebstein Anamoly)是严重的，尽管其风险率非常低(1/1)。

神经管发育缺陷风险主要与丙戊酸盐和卡马西平有关，尤其是丙戊酸盐，发生率可高达6%。拉莫三嗪相对较安全，尽管近期有资料提示其可能与兔唇/腭裂有关。有关非典型抗精神病药方面的资料目前不多，FDA 将其皆归为C类(即风险不能除外)。

目前所有的抗抑郁药风险评估也归为C类(除外帕罗西汀和安非它酮);帕罗西汀因为可能与新生儿心血管畸形有关，因此应该避免妊娠期使用;而安非它酮归为B类(目前没有证据显示其对人类有危险)，因此在妊娠期若需用抗抑郁药时，可作为优先考虑。另外，在妊娠初期的1周内还要避免使用苯二氮卓类药物(因为有引起兔唇/腭裂的风险)。

如果在妊娠初期的3个月内出现情感障碍的复发，尽可能使用非药物的心理社会治疗。如果疾病复发的风险大于治疗药物致畸的风险，则应考虑改良电抽搐治疗(MECT)或药物治疗来控制心境发作。妊娠期不同阶段的治疗方案选择需根据药物的潜在不良影响，如妊娠初期3个月内的急性躁狂发作，宜选用C类的非典型抗精神病药;而双相抑郁发作，则宜选用MECT或喹硫平。

虽然其他抗抑郁药也可以考虑使用，如安非它酮或SSRIs(除外帕罗西汀)，但需要合用非典型抗精神病药以降低转躁风险。由于妊娠会使得孕妇身体液体容积比增大，因此药物维持治疗者在妊娠中晚期需增加药量以保证稳态血药浓度和疗效，但在分娩前数日需减量以免毒性反应。

必须告知患者，在妊娠中晚期使用精神药物可能会增加胎儿死亡、胎儿发育迟滞、以及新生儿中毒等风险。另外，有报道显示，妊娠期使用丙戊酸盐可能与儿童言语智商发育低下有关。